摧毁主城建筑或城市本身并非游戏默认提供的常规操作，但通过特定机制或模组仍可实现。需游戏内无法直接拆除由城市建造的区域及核心建筑（如市中心、奇观等），但由建造者单位建造的改良设施（如农场、矿场）可通过相同单位选择清除地貌功能移除。若需彻底摧毁城市，通常需通过战争手段占领后选择夷平选项，但首都城市无法被摧毁。
对于希望手动拆除城市或建筑的玩家，需依赖第三方模组实现。例如可以手动摧毁城市MOD可在城市操作面板中添加销毁按钮，甚至允许拆除首都，但需谨慎使用以避免误操作。该模组需放置于游戏MOD文件夹中激活，适用于特定版本。创意工坊中AdvancedCheatMenu等作弊类模组也提供类似功能，但可能影响游戏平衡性。
从战略角度而言，摧毁城市通常得不偿失。夷平城市会导致人口、建筑和区域永久消失，且可能引发外交惩罚。若因布局问题需要调整，更建议通过迁移人口、重建城市或利用城市规划工具优化现有布局。对于AI建造的杂乱城市，占领后保留并改造比直接摧毁更有利于长期发展。
摧毁非首都城市需先使用近战单位将城市血量降为零并完成占领。远程单位仅能削弱防御无法最终占领。攻城时建议优先用远程单位削弱城防，配合破城锤等攻城器械提升近战效率。每个区域被摧毁可降低城市2点防御力，合理劫掠区域能显著减少攻城损失。
