玩家必须通过海上航行才能抵达。它并非单一岛屿，而是包含数个岛屿的群岛，通常需要完成特定的主线任务后才能解锁前往的权限。前往三岛的核心方式是乘坐停泊在枯叶市码头的圣安奴号游轮，但这需要你首先获得关键的船票道具。
你首先需要推进主线剧情，收集八枚道馆徽章并完成冠军联盟的挑战，这通常意味着你已通关一周目。此后，关键任务是将你的宝可梦图鉴升级至全国图鉴，这是触发后续岛屿剧情的必要条件。你需要前往一岛，在灯火山区域的山洞内找到红宝石，并将其带回去交给大木博士或其助手，完成这一步骤后，你才能获得前往后续岛屿的正式许可。
当你持有船票后，前往码头与门口的水手对话即可登上圣安奴号。登船后，建议先在船舱内与训练家进行对战以提升队伍等级，之后前往船长室触发按摩背部的剧情，完成后可以获得秘传机居合斩，这个技能对于后续探索至关重要。航行的首站通常是一岛，在一岛完成网络中心交付的寻找红宝石等任务后，才能真正解锁通往三岛及更远岛屿的航线。三岛及周边岛屿分布着与火箭队残党相关的新剧情、等级较高的野生宝可梦和训练家，以及需要冲浪、怪力、攀瀑等秘传技能才能到达的隐藏区域。
